Doanh nghiệp bị kiểm tra thuế: Quyền và nghĩa vụ khi làm việc với cơ quan thuế

Trong hoạt động kinh doanh, việc cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra thuế là một tình huống thường gặp. Đây là quy trình nhằm đảm bảo doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ nộp thuế, đồng thời cũng là cơ hội để doanh nghiệp rà soát, điều chỉnh những sai sót trong quản lý tài chính – kế toán. Tuy nhiên, không ít doanh nghiệp cảm thấy lo lắng vì chưa nắm rõ quyền và nghĩa vụ của mình khi làm việc với cơ quan thuế. Bài viết này sẽ giúp doanh nghiệp hiểu rõ hơn để chủ động bảo vệ quyền lợi và tuân thủ pháp luật.

1. Khi nào doanh nghiệp bị kiểm tra thuế?

Theo Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp có thể bị cơ quan thuế kiểm tra trong các trường hợp sau:

• Doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro về thuế, kê khai chưa minh bạch hoặc chậm nộp hồ sơ khai thuế.
• Kiểm tra định kỳ theo kế hoạch hàng năm của cơ quan thuế.
• Khi doanh nghiệp thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT).
• Kiểm tra sau khi có tố cáo hoặc thông tin phản ánh về hành vi trốn thuế, gian lận thuế.
• Khi giải thể, sáp nhập, chia tách hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.

Việc kiểm tra thuế có thể diễn ra tại trụ sở cơ quan thuế (kiểm tra hồ sơ khai thuế trên hệ thống) hoặc tại trụ sở doanh nghiệp (kiểm tra thực tế chứng từ, sổ sách, hóa đơn).

2. Quyền của doanh nghiệp khi bị kiểm tra thuế

Nắm rõ quyền lợi giúp doanh nghiệp tránh bị áp đặt hoặc chịu thiệt trong quá trình làm việc với đoàn kiểm tra thuế. Một số quyền cơ bản bao gồm:

2.1. Quyền được biết lý do và phạm vi kiểm tra

Doanh nghiệp có quyền yêu cầu cơ quan thuế xuất trình quyết định kiểm tra ghi rõ lý do, phạm vi, thời hạn và thành phần đoàn kiểm tra.

2.2. Quyền cung cấp và giải trình thông tin

Doanh nghiệp có quyền chủ động giải trình, cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan đến nghĩa vụ thuế. Trong trường hợp không đồng ý với nhận định ban đầu của cơ quan thuế, doanh nghiệp có thể đưa ra ý kiến bằng văn bản.

2.3. Quyền bảo mật thông tin

Mọi thông tin tài chính, kinh doanh của doanh nghiệp chỉ được sử dụng cho mục đích quản lý thuế và không được tiết lộ nếu không có sự đồng ý của doanh nghiệp.

2.4. Quyền khiếu nại, khởi kiện

Nếu doanh nghiệp cho rằng cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra, xử phạt không đúng, hoàn toàn có quyền khiếu nại hoặc khởi kiện ra Tòa án hành chính để bảo vệ quyền lợi hợp pháp.

2.5. Quyền được hỗ trợ, tư vấn

Trong quá trình làm việc, doanh nghiệp được quyền yêu cầu cơ quan thuế giải thích rõ các quy định pháp luật, hoặc đề nghị hỗ trợ hướng dẫn xử lý sai sót.

Xem thêm: Quy định mới về thuế thu nhập cá nhân và doanh nghiệp trong năm 2025

3. Nghĩa vụ của doanh nghiệp khi bị kiểm tra thuế

Song song với quyền lợi, doanh nghiệp cũng cần thực hiện đầy đủ nghĩa vụ theo quy định:

3.1. Cung cấp hồ sơ, chứng từ đầy đủ

Doanh nghiệp có nghĩa vụ xuất trình hóa đơn, chứng từ kế toán, sổ sách, báo cáo tài chính và các tài liệu khác theo yêu cầu của đoàn kiểm tra.

3.2. Hợp tác, tạo điều kiện cho đoàn kiểm tra

Doanh nghiệp cần bố trí không gian làm việc, phối hợp giải trình kịp thời và không được gây cản trở hoạt động của cơ quan thuế.

3.3. Chấp hành quyết định xử lý

Nếu kết quả kiểm tra xác định có sai phạm, doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp thuế, nộp phạt và khắc phục hậu quả theo quyết định.

3.4. Giữ gìn chứng từ kế toán

Doanh nghiệp phải lưu giữ hóa đơn, sổ sách trong thời gian theo quy định (thông thường là 10 năm), đảm bảo tính minh bạch khi cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra.

4. Những lưu ý quan trọng khi làm việc với cơ quan thuế

Để hạn chế rủi ro, doanh nghiệp nên lưu ý một số điểm sau:

• Chuẩn bị hồ sơ trước: Doanh nghiệp cần rà soát lại báo cáo tài chính, tờ khai thuế, đối chiếu hóa đơn, chứng từ để phát hiện sai sót và kịp thời điều chỉnh.
• Ghi chép, lưu trữ đầy đủ: Các cuộc làm việc, biên bản làm việc nên được ghi nhận và lưu trữ cẩn thận để đối chiếu khi cần.
• Giữ thái độ hợp tác, chuyên nghiệp: Việc hợp tác tích cực sẽ giúp quá trình kiểm tra diễn ra nhanh chóng, giảm căng thẳng không cần thiết.
• Tham khảo ý kiến chuyên gia: Khi gặp tình huống phức tạp, doanh nghiệp nên nhờ luật sư hoặc chuyên gia thuế để được tư vấn, tránh rủi ro pháp lý.

Xem thêm: Thủ tục đăng ký tạm trú, thường trú cho người nước ngoài tại Việt Nam

5. Hậu quả nếu doanh nghiệp không tuân thủ

Việc không tuân thủ quy định khi bị kiểm tra thuế có thể dẫn đến nhiều hậu quả nghiêm trọng:

• Bị xử phạt hành chính: Doanh nghiệp có thể bị phạt tiền do hành vi chậm nộp, kê khai sai hoặc trốn thuế.
• Bị truy thu thuế: Cơ quan thuế sẽ yêu cầu doanh nghiệp nộp bổ sung toàn bộ số thuế thiếu cùng với tiền chậm nộp.
• Ảnh hưởng uy tín: Vi phạm về thuế có thể khiến doanh nghiệp mất niềm tin từ đối tác, khách hàng và khó khăn trong việc tiếp cận vốn tín dụng.
• Nguy cơ xử lý hình sự: Nếu hành vi gian lận, trốn thuế có giá trị lớn, doanh nghiệp và người đại diện theo pháp luật có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự.

6. Giải pháp giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro về thuế

Để chủ động trong quản lý thuế và hạn chế rủi ro khi bị kiểm tra, doanh nghiệp nên:

• Thực hiện kế toán đúng chuẩn: Đảm bảo báo cáo tài chính minh bạch, số liệu chính xác.
• Ứng dụng công nghệ quản lý thuế – kế toán: Sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử, chữ ký số và phần mềm kế toán để tự động hóa, giảm sai sót.
• Đào tạo nhân sự kế toán – tài chính: Giúp đội ngũ hiểu rõ quy định pháp luật, cập nhật kịp thời những thay đổi mới.
• Tư vấn định kỳ với chuyên gia thuế: Kiểm tra trước khi cơ quan thuế kiểm tra chính thức để tránh phát sinh vi phạm.

7. Kết luận

Việc doanh nghiệp bị kiểm tra thuế là một hoạt động bình thường trong quản lý nhà nước về thuế, không nên quá lo ngại. Quan trọng là doanh nghiệp cần nắm rõ quyền và nghĩa vụ của mình, chuẩn bị hồ sơ minh bạch, tuân thủ quy định pháp luật và hợp tác với cơ quan thuế. Chủ động quản lý tốt công tác kế toán – tài chính không chỉ giúp doanh nghiệp vượt qua kỳ kiểm tra thuận lợi mà còn góp phần xây dựng uy tín, phát triển bền vững lâu dài.